小児科は1975年の病院開設以来地域の第一線小児科医療を担っており、現在は勤医協中央病院に隣接する勤医協伏古10条クリニックの3Fで外来診療をしています。
現在のところ入院医療は基本的には実施されていません。当協会の小児科のセンターである勤医協札幌病院(白石区菊水)では産科・新生児医療とともに 小児科入院医療もおこなっており連携しています。
勤医協中央病院の多彩な検査機能(CT・MR・超音波検査・脳波・内視鏡etc)を生かしながら、他科とオーバーラップする疾患領域についても緊密に連携しています。